在《金刚狼3》中，其他变种人的去向可以归纳为以下几个原因：

自然死亡：

一些变种人由于年龄较大，没有抗衰老能力和自愈能力，因此自然死亡。

基因突变：

变种人吃了转基因的食物，这些食物改变了他们的基因，导致他们无法产生后代。这样一来，老的变种人去世，而新的变种人没有诞生，导致变种人逐渐消失。

X教授的影响：

X教授因为食用了转基因的有害食物，导致大脑萎缩，无法控制自己的思想和行为，从而伤害了许多变种人。

M43病毒：

在电影中，亚克莱基因公司利用M43病毒遏制现存变种人的能力，并消除人类后代的基因突变，这意味着在这个时代不会有新的变种人出生。

疾病和衰老：

仅存的变种人疾病缠身，随时可能死亡。金刚狼罗根也受到了毒害，虽然他拥有自愈能力，但最终也难逃寿终正寝的命运。

综合以上几点，可以得出结论：在《金刚狼3》中，其他变种人要么自然死亡，要么因为基因突变和疾病而消失，最终仅剩下罗根和X教授两人。